拥有用肉眼看见「菌」能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，本作清新可爱，搞笑的同时也轻松的介绍了很多科普知识，各种「菌」不仅造型超萌，而且有自己的思想，还可以说话。
泽木惣右卫门直保：坂口大助
结城萤：斋贺三月
长谷川遥：大原沙耶加
及川叶月：神田朱未
武藤葵：能登麻美子
美里薫：小西克幸
川浜拓马：杉山纪彰
树庆蔵：西村知道
玛丽：泽城美雪
日本动画片《萌菌物语第二季》于2012发布更新，动画片萌菌物语第二季以一座架空的农学院为舞台，讲述了主人公泽木惣右卫门直保的爆笑大学生活。直保拥有可以看见常人看不见的「菌」的特异体质，而且能够听懂「菌语」。这种能力在直保所从事的领域简直可以称为「媲美3亿元电子显微镜的能力」，从而引起了一系列小小的骚动
第01话 萌菌站起来
第02话 发酵仓库
第03话 及川Team
第04话 变化之秋
第05话 收获祭
第06话 团队合作
第07话 笼中之鸟
第08话 婚礼
第09话 在特级田
第10话 交错的感情
第11话 我们回来了