南京农业大学图书馆是由原金陵大学图书馆、中央大学图书馆的部份人员和书刊合并而成。图书馆实行总馆分馆制，总馆（卫岗校区图书馆）下设浦口分馆（浦口区点将台路40号）、社科分馆（逸夫楼5079、6003室）、畜牧兽医分馆（逸夫楼2032～2034室）、农业遗产分馆（逸夫楼6011室）。
南京农业大学图书馆总建筑面积3.1万平方米。设有普通阅 览座位3350席，电子阅览座位500席，网络信息点4200个。电子西文期刊10000种，电子中文期刊8000种；员工95人。每周开放94小时，年接待读者62.5万人次，年流通总量近87.5万册。中心馆设有办公室、数字及系统部、读者服务部、资源建设部、校园网管理中心（含CAI中心）、参考咨询部、多媒体服务部、多媒体教育中心。
南京农业大学图书馆是学校的最新唯一最好独特最大文献信息中心、现代教育技术中心、网络管理中心，是华东地区农林院校信息中心、江苏高校农学文献中心、中国教育技术协会常务理事单位、中国农学会农业图书馆分会副理事长单位、教育部查新检索单位、农业部查新检索单位、江苏省查新检索单位。
南京农业大学图书馆常年开展书刊借阅、电子阅览、视听阅览、电子书刊借阅、自助打印复印、书目信息查询、读者信息查询、读者培训、参考咨询、科技查新、文献传递、重点学科导航、校园网接入与管理、校园网和图书馆网站建设、教学视频资源库建设与管理、电视教学片摄制等服务工作。图书分类采用中图法。图书流通采用汇文文献信息服务系统，并与校园一卡通系统接轨。读者可使用校园卡在馆内通过门禁、接受服务、自助缴费、自助充值等。图书馆局域网采用主干千兆与CERNET联接，普通阅览座位及休闲区可携机上网。
这里有超过200万册的纸型文献，这里有海量的电子资源；这里有良好的阅读环境，这里有馆员老师的潜心服务；这里有读者美丽的阅读风景，这里有日后栋梁的切磋与研讨。勤奋的学子来到这里求知，他们赋予这座美丽的建筑以动感与活力，他们是这里的主人和传人，三楼院士大厅49位两院院士见证着代代学子的薪火相传。
南京农业大学图书馆的使命是构筑信息平台，建设信息资源，创造优美环境，最大限度为学校人才培养、科学研究、服务社会和传承文化，为建设世界一流的农业大学，提供及时、便捷和准确的服务。
1980年开始建设畜牧兽医资料室，2004年8月成立南京农业大学图书 馆畜牧兽医分馆。南京农业大学畜牧兽医分馆位于逸夫楼2032-2034室，有管理员1人，面积76平方米，拥有20个座位，现有过刊278种，3257册；现刊268种，最早的《畜牧与兽医》孤本期刊为1936年。工具书21本。
每周开放时间为上午8：00-12：00，下午2：00-5：30（每周三下午政治学习、节假日除外）。主要服务于动物科技学院、动物医学院及其他学院相关学科的教职工、研究生、本科生。各单位教职工与学生可凭学校有效证件查阅资料，校外人员必须经校图书馆、动物科技学院、动物医学院办理有关手续后，方可进馆查阅有关文献。
农业遗产分馆，它的前身是中国农业遗产研究室资料室。早在上世纪二十年代，金陵大学图书馆成立农业历史研究部时，就同时设立了农业历史资料室。它积累了丰富的农史文献资料和一批珍稀古籍，其中明代嘉靖马直卿刻本《齐民要术》，明崇祯平露堂刻本《农政全书》，明刻 本《唐宋白孔六帖》，明刻本《花史左编》等15种珍贵古籍，被国务院古籍整理小组列为「善本书」，具有非常珍贵的价值。馆内还收藏了一批珍贵的手抄本资料，如从4000多部古籍中辑出《中国农业史资料》613册、420万字，分别以农作物、果树、蔬菜、野生动物、水产、蚕桑、野生经济林木、家畜兽医、农产加工、粮食仓储、漕运、土地利用、垦荒、农田水利、历代荒政、农业灾荒等专题装订成册，检索查阅十分方便。
农业遗产分馆还有从各地8000余种明清地方志中，摘录出各地有关农业的资料，分类整理出《方志综合》、《方志物产》、《方志分类资料》三大类农史资料，共680余册、500万字，这些手抄本资料是研究中国农业历史的最基本的资料，有极高的史料价值，也是国内外所独有的。馆内还收藏有大型丛书《四库全书》、《丛书集成》、《丛书集成续编》、《四部丛刊》、《中国地方志集成》及《民国丛书》等大型图书。农业遗产分馆已经成为南京农业大学一个对外开放窗口，每年都有许多上级领导和国内外的专家学者前来参观访问。
开放对象：主要面向人文、经管、公管学院的教师、研究生。
开放时间：每周一至周五，其中周三、周五下午不开放。
分馆地址；南京农业大学逸夫楼6011室。
馆领导办公室
负责全馆工作。
馆办公室
协助馆领导处理图书馆相关事务；负责校务信箱、读者投诉及物业公司的协调工作；承担图书馆日常事务、财务服务、统计与档案；对外联络与服务等工作。
读者服务部
协调分管领导，负责全馆图书馆藏的规划布局与管理；负责全馆图书借还流通、图书借还问题的处理，借阅室日常管理与服务；新生入馆教育，读者离校手续的办理，研究生论文上传，各借阅室相关设备的管理服务等。
文献资源建设部
协助分管领导做好全馆（分馆）文献资源的规划、建设与订购工作；负责图书加工，图书财产登记，图书捐赠工作；了解各学科专业，及读者对文献资源的需求；建立完善、科学、合理、满足读者需求的馆藏文献资源体系。
参考咨询部
负责科技查新、文献检索、文献传递、馆际互借，参考咨询者、用户培训，学科服务；特色资源建设，全国农学文献中心，江苏省图工委专业委员会等工作；参与数字资源建设、馆藏资源利用评价等工作。
教育技术部
协助负责全校教育技术工作；负责多媒体声视频教学资源、学校精品课程的摄录、制作与服务工作；负责多媒体技术的收集、教学与培训；负责多媒体教学资源库的建设与维护，承担相关学会及江苏省党员干部远程培训基地建设，学校重大事务的摄像工作；承接有关声视频资源制作、声像光盘制作、多媒体课件制作等服务工作。
用户服务部
协助做好全校用户的网络信息服务工作；负责用户校园网与校内网络使用的支持、咨询，反馈与投诉等服务工作；负责用户使用校园网情况的调研、统计分析与对策，负责数据中心日常值班及日常事务的协调、通知公告发布等工作；完成其它信息工作。
信息应用部
协助做好全校信息化工作的规划与审批，建设与管理，以及单位、人员的相关协调、配合与管理工作；负责校数据中心的建设与管理，负责全校信息标准与信息管理规章制度的制订；负责学校各单位信息门户的开发与维护工作；完成其它信息工作。
网络运营部
协助负责全校网络建设规划管理与运行维护；做好网络信息安全与技术支持工作；负责全校网络设备的扎口管理工作；图书馆系统(汇文)与网络的管理和维护；电子资源建设管理维护；校园网病毒防控中心；完成其它信息工作。
总馆开放时间
部门名称 地理位置 开放时间
近刊、报纸阅览室 北一楼 每周一至周日8：00－22：00
自（社）科图书阅览室 北二楼 每周一至周日8：00－22：00
图书借阅室 北三楼 每周一至周日8：00－22：00
现刊阅览室 北四楼 每周一至周 日8：00－22：00
新书借阅室 南三楼 每周一至周日8：00－22：00
电子阅览室 南四楼 每周一至周日8：00－22：00
视听阅览室 南五楼 每周一至周日8：00－22：00
总还书处、总咨询台、综合书库入口 二楼大厅 每周一至周日8：00－12：00； 14：00－17：30 （17：30以后上架整架）
电子阅览室 南八楼 每周一至周日8：00－22：00
注：每周五晚闭馆休整(17：30开始)
办公室 南二楼 周一至周五 8：00－12：00； 14：00－17：30
校园网管理中心 南七楼 周一至周五 8：00－12：00； 14：00－17：30
资源建设部 南三楼 周一至周五 8：00－12：00； 14：00－17：30
参考咨询部、查新站 南五楼 周一至周五 8：00－12：00； 14：00－17：30
多媒体教育中心 南六楼 周一至周五 8：00－12：00； 14：00－17：30
馆长室 南二楼 周一至周五 8：00－12：00； 14：00－17：30
数字及系统部 南七楼 周一至周五 8：00－12：00； 14：00－17：30
注：北大门每晚18：30关闭，请读者从东大门进出。
社科分馆开放时间
部门名称 地理位置 开放时间
社科分馆 逸夫楼5079、6003室
8：00～12：00 14：00～17：30 （周一～周五）
北一楼 近刊、报纸阅览室
北二楼 自（社）科图书阅览室
北三楼 图书借阅室
北四楼 现刊阅览室
南三楼 新书借阅室
南四楼 电子阅览室
南五楼 视听阅览室
二楼大厅 总还书处、总咨询台、综合书库入口
南二楼 办公室
南七楼 校园网管理中心
南三楼 资源建设部
南五楼 参考咨询部、查新站
南六楼 多媒体教育中心 六
南二楼 馆长室
南七楼 数字及系统部
南八楼 电子阅览室
1、教职工办证：凡教职工均可向图书馆申领借阅证。新进教师凭人事处证明，至 图书馆二楼总咨询台办理。学生办证：因学生都拥有校园卡，其校园卡本身已具有图书馆借阅证的功能。
2、借阅证只限本人使用，不得转借他人。教师、研究生可申领江苏省高校通用借书证。每年5月、11月办证。
3、借阅证遗失补办：校园卡（借阅证）丢失应立即到图书馆二楼总咨询台或在查询系统上挂失。校园卡用户还需到计财处校园卡中心挂失。
4、进修教师、外籍教师、在校攻读学位的校外研究生、留学生办证时须至图书馆办公室领取申请表格，如实填写并经所在学院盖章（负责人签名），交至图书馆办公室，办理证件开通手续。
5、读者毕（结、肄）业、退（休）学、出国、调出该校或借阅证到期，应主动归还全部图书，并向图书馆交销条码借阅证（校园卡证则由图书馆出证明到校园卡部注销）。
CAB Abstracts 1990- (SPIRS平台)
Food Science and Technology Abstracts 1990- (SPIRS平台)
AGRICOLA 1970- (SPIRS平台)
AGRIS 1990- (SPIRS平台)
Ovid数据跨库
BIOSIS Previews 2006 (Ovid平台)
BIOSIS Previews 1997-2005 (Ovid平台)
BIOSIS Previews 1995-2007 (Ovid平台)
AGRICOLA 1970- (Ovid平台)
AGRIS 1975- (Ovid平台)
CAB Abstracts 1973- (Ovid平台)
Food Science and Technology Abstracts 1969- (Ovid平台)
ERIC 1965- (Ovid平台)
BIOSIS Previews（ISI平台）
国务院发展研究中心信息网
中国高校人文社会科学文献中心
人大报刊复印资料全文数据库
中国高等教育文献保障系统西文期刊篇名数据库
万方数据库（北京主站）
万方数据库（上海镜像）
LexisNexis Academic Universe数据库
BIOSIS Previews（ISI平台）