南京市机关事务管理局是市政府工作部门。
（一）贯彻执行党和国家的有关方针政策，研究制定全市机关事务管理工作的具体政策和管理制度并组织实施。
（二）会同有关部门研究制定并组织实施全市机关事务管理体制改革的政策和办法，指导区和市级机关部门机关事务工作。
（三）负责市级机关和事业单位的办公用房、车辆等有关国有资产产权界定、清查登记工作。
（四）综合管理市级机关房地产，管理市级机关土地使用权；负责市级机关办公用房的权属、调配、使用、处置和基建、修缮的集中统一管理工作；负责市级机关办公用房维修改造项目审批；负责市级机关办公用房和自有产权、代管房产住宅的管理工作；负责市级机关物业管理标准制订及政治核心区域、保密区域的物业管理工作。
（五）负责市级机关和事业单位公务车辆的集中统一管理；审核公务用车的编制、配备、更新、报废事项；指导区机关公务用车管理工作；监管市属国有企业公务用车；负责南京市承办的重大政治、经济、文化活动的公务车辆服务保障工作。
（六）负责全市公共机构的节能管理工作；制定全市公共机构的节能规划、能源消耗定额和节能目标并组织实施；负责推进节约型机关的建设工作。
（七）负责市级机关的治安保卫工作，维护机关集中办公区的交通秩序，协助处理机关内部的交通事故、治安案件；协助维护集中办公区的上访秩序和市级领导集中住宅区的安保工作。
（八）负责市级机关爱国卫生、环境综合治理标准化建设、绿化美化和人民防空工作。
（九）会同有关部门承办来我市的内宾接待服务工作；协助承担市重要会议、大型活动的服务保障工作。
（十）承办市委、市政府交办的其他事项。
1、办公室（机关事务信息处）
综合协调局机关日常工作；牵头负责市级机关事务对标找差绩效考核和处室工作目标考核；负责重大会议决定事项、重要工作、重要批示的督查督办工作；负责机要、保密、文书、档案、信访工作；负责政务信息报送和政务公开、提案议案办理工作；会同有关部门承办来我市的内宾接待服务工作；协助承担市重要会议、大型活动的服务保障工作；负责推进节约型机关的建设工作。
负责局机关信息化工作；负责局网站建设及信息发布工作；联系区机关事务工作部门；牵头机关事务信息化工作。
2、人事教育处（审计处）
负责局系统机构、编制工作；负责局系统干部工作，承办人事调配、任免、职称评定、考核、奖惩、工资和教育、培训、监督等工作；负责局系统出国（境）等外事工作；负责人事档案工作；负责局直属单位领导班子建设、人事管理的指导和监管工作；牵头机关事务职能化工作。
负责制定局系统内部审计规划、计划和规章制度；负责局系统经济责任审计、工程审计等审计项目实施；负责监督内部审计发现问题整改落实工作。
3、财务处（资产管理处）
负责局系统行政经费、专项经费、非税收入等管理工作；负责局系统内部控制工作；负责局系统财务运行的指导和监管工作。
负责制定局系统资产管理制度并组织实施；负责市级机关办公用房、公务用车等资产的清查、登记、处置和账、卡管理工作；负责相关资产的统计、汇总和年报工作。
4、服务监管处
负责机关事务相关的服务标准制定和质量监管工作；负责局直属单位考核评价等工作；负责局系统服务社会化的组织和监管工作；负责局系统设施设备运行监管工作；负责市级机关绿化、爱国卫生、环境综合整治、抗灾救灾、人民防空等工作；牵头机关事务社会化工作。
5、房地产管理处：
负责市级机关房地产集中统一管理工作；负责制定市级机关房地产管理有关制度，编制市级机关办公用房中长期调整规划工作；负责市级机关事业单位房地产的产权、产籍管理工作；负责市级机关办公用房的调配、使用、处置、维修改造审批和检查工作；负责市级机关房地产档案管理工作；指导区办公用房管理工作；负责局直属单位房产管理的指导和监管工作。
6、基建处
负责市级机关办公用房、公共设施的基建规划和建设工作；负责市级机关土地资源的申请、开发利用等工作；负责基建项目的质量、进度、投资、安全管理和竣工图纸、资料的管理工作；牵头负责市级机关房屋修缮工作；指导局直属单位执行基建法规工作。
7、安全保卫处（车辆管理处）
负责市级机关的治安保卫工作，维护市级机关集中办公区交通秩序，协助处理机关内部的交通事故、治安案件；配合有关部门做好集中办公区大型活动、重要会议及外事活动的安保工作；负责市级机关集中办公区人员、车辆出入管理工作；协助有关部门维护集中办公区的上访秩序和市级领导集中住宅区的安保工作；负责局直属单位安全管理的指导和监管工作。
负责市级机关和事业单位公务用车统一管理工作；负责市级机关和事业单位公务用车编制、配备、更新、处置及牌证管理工作；负责公务用车信息化平台建设工作，指导区公务用车管理和监管市属国有企业公务用车；负责指导局直属单位车辆管理工作。
8、节能管理处
负责全市公共机构能源资源节约管理工作；负责制定全市公共机构节能管理制度；会同有关部门制定全市公共机构节能规划和既有建筑节能改造计划并组织实施；负责制定市级公共机构能源消耗定额，组织统计、评价、考核、审计工作；承担市级公共机构节能监督检查等有关工作；指导局直属单位节能管理工作；牵头机关事务绿色化工作。
9、政策法规处
负责起草机关事务管理地方性法规；负责制定机关事务管理发展规划和体制改革有关政策制度；负责局系统规范性文件合法性审查；负责组织局系统政府采购和招投标；负责局系统涉法事项的处理；负责机关事务研究会工作；牵头机关事务标准化、法治化工作。
10、机关党委
负责局系统党建工作；负责基层党组织建设和党员教育管理工作；负责党的政治建设、思想建设、组织建设、作风建设、纪律建设、制度建设工作；负责全面从严治党和意识形态工作；负责群团和统战工作。
11、离退休干部处
负责局机关离退休干部工作，指导局属单位离退休干部工作。