海运学院始建于一九八六年，现有「航海技术」、「轮机工程」以及「船舶电子电气工程」三个本科方向。学院拥有一支理论扎实、经验丰富、团结进取的教师队伍，科研和实验教学设备总价值两千万元，已获得国家海事局授权的专业培训项目30项。学院严格按照《中华人民共和国船员教育和培训质量体系》运行，确保培养符合《STCW78/95公约》和《中华人民共和国海船船员适任考试评估和发证规则》的高级航海技术人才。
海运学院是交通部向国际海事组织（IMO）推荐的我国首批7所高等航海院校之一，学院建立了《宁波大学船员教育和培训质量体系》，并对学生实行严格的半军事化管理。学院下设航海技术、轮机工程和物流管理三个本科专业，一个轮机工程硕士点，拥有交通科学、机电与能源工程、物流与港口三个研究所。其中航海技术为省重点建设专业，载运工具运用工程、轮机工程为校重点学科。郑道昌教授为学院现任院长。宁波大学海运学院的前身为1986年设置的原浙江水产学院航海系的海洋船舶驾驶专业和1987年设置的原浙江水产学院机械系的轮机管理专业。1991年，轮机管理专业从浙江水产学院机械系里分离出来，并入航海系管理。1994年，轮机管理专业又从航海系里分离出来，成立轮机系。1996年10月，浙江水产学院宁波分院与宁波大学合并，同年12月原浙江水产学院宁波分院航海系和轮机系合并成立宁波大学海运学院。2001年5月，原国家海洋局所属的宁波海洋学校船舶类专业并入宁波大学海运学院。