西二旗站位于北京市海淀区上地科技园区信息路东北，是北京地铁13号线和昌平线的换乘站，属于共用站厅换乘。总长150米，总宽54.80米，总高20.1米，总建筑面积为16669.61平方米 。
2002年9月28日，西二旗站旧站房随北京地铁13号线（时称北京城市轻轨铁路）的开通而启用。2010年12月30日，西二旗站通行北京地铁昌平线。2010年，在西二旗站北侧增建了新站。自此之后，13号线列车仍会经过老站，但通过不停车。2020年8月25日，西二旗站旧站房拆除。2021年，北京计划开通7条轨道交通线路，根据计划，昌平线南延将率先从西二旗延伸至清河站，直接为北京冬奥会服务。2023年12月14日，地铁昌平线西二旗站-生命科学园站上行区段一列车车厢脱离，迫停区间，2023年12月15日，北京地铁发布通告，自2023年12月16日首班车起，地铁昌平线全线恢复正常运营。
日均20万左右客流的西二旗站，是北京中心城区连接北部新城重要的交通枢纽。
《京北畿甸清河镇》载：西二旗原为明代军屯世籍地，明嘉靖三十九年（1560年）刻本《京师五城坊巷胡同集》称「二旗营」，《光绪顺天府志》称「二奇村」（应为「二旗村」）。南邻安宁庄，北邻回龙观，村形长方，村中有南、北、中三条街道。明朝迁都北京后，为防御被推翻的元代蒙古残余势力卷土重来，便在大规模修筑长城的同时，于长城沿线设置九个重镇，也称「九边」，统领大批卫、所的官兵保卫边防。为了供给沿边驻军所需的战马，便在内地设立了许多牧马草场和马房，抽调部分官兵专门牧马养马。北京周边地区所设的牧马草场和马房很多，并集中在京北、京东一带。其中在今天的西二旗附近，也就是清河以北地区设有西二旗、西三旗等牧马养马场。二旗为小旗两个，即20人，三旗为小旗三个，即30人。明代后期牧马养马场逐渐废弃，附近形成村落，便多以当时小旗的编号和所处方位命名。「西二旗」之称，即当年西边的两个旗营驻军之地。1942年西二旗为昌平县第八区辖地，20世纪50年代划入北京市十四区，后为十三区，后归属海淀区东北旺人民公社辖村。80年代西二旗仍只是一个自然村，北部紧邻回龙观村，西部临近上地村。
2002年9月28日，西二旗站旧站房随北京地铁13号线（时称北京城市轻轨铁路）的开通而启用。2010年12月30日，西二旗站通行北京地铁昌平线。2010年，地铁昌平线通车，由于原有西二旗站设计规模过小，无法满足与昌平线换乘需求，既有站改造风险又太大，因此配合昌平线建设，在西二旗站北侧增建了新站。自此之后，13号线列车仍会经过老站，但通过不停车。2020年8月25日，西二旗站旧站房拆除。2021年2月，西二旗站共计5个出入口，运营时间为05:11-次日00:15；昌平线站台宽7米，13号线西侧站台宽4.8米，东侧站台宽4.5米。2021年，北京计划开通7条轨道交通线路，创下开通运营线路数量的新纪录。根据计划，昌平线南延将率先从西二旗延伸至清河站，成为接驳京张高铁的又一条地铁线路，直接为北京冬奥会服务。
2023年12月14日18:57，地铁昌平线西二旗站-生命科学园站上行区段一列车车厢脱离，迫停区间，2023年12月15日，北京地铁发布通告，自2023年12月16日首班车起，地铁昌平线全线恢复正常运营。
西二旗站位于中国北京市上地街道上地东路与上地十街交叉口东侧，西临北京—乌鲁木齐高速公路（国家高速G7），东临京包铁路，呈西北-东南走向布置。距离京蒙高科约270米，距离中国光大银行上地办公区约175米，距离上地北区中关村科技园约225米，距离盈创动力园区约360米。
西二旗站总长150米，总宽54.80米，总高20.1米，总建筑面积为16669.61平方米。其中13号线站台层站台有效长度118米，西侧宽4.8米，东侧宽4.5米，昌平线站层站台有效长度为118米，西侧宽7米，东侧宽5.2米。
西二旗站是北京地铁昌平线的南起点站，是与城铁13号线的换乘站。车站形式为半地下一层、地上二层，四柱三跨框架式高架车站。车站采用了双四边形组合建筑断面形式，并以PTFE膜结构作为屋面和立面维护材料和结构，实现了内部基本无柱的长向大空间。由于PTFE膜材的半透光特性，白天的车站内可以透射进柔和而充分的自然光线，无须人工照明；地铁西二旗站逐渐成为当地重要的「城市标志物」。
作为重要的换乘车站，西二旗站结合侧式站台的特点，采用了区别于本线其他高架车站不同的外立面造型设计，是昌平线唯一一座个性化车站。车站主体采用双四边形截面通长形体，PTFE索膜结构外立面。车站主要公共空间均覆蓋于PTFE索膜结构内，并通过利用室内外高差设置的半地下设备用房区，使整个车站主体部分位于基座之上，通过外立面膜结构手风琴状富有韵律的起伏褶皱而达到简洁、醒目、优雅的外观效果。半地下设备用房层外立面采用与区间结构相呼应的清水混凝土外墙，并设置高侧通风窗。车站的出入口平台、雨棚等设施也采用了与车站主体一体化的建筑语言。室内设计方案与车站建筑造型、材料和色彩紧密结合，与车站的外形一样，呈现出简洁、流畅、纯净的形态。使建筑的室内外均展现出面向未来的「新城」特征车站建筑和室内采用一体化的设计，充分考虑四边形几何元素的利用，运用「环境色/线路色/辨识色」的色彩体系，丰富车站内涵。
两线共用站厅区换乘，资源共享，乘客进出站方便。两站乘客流单向换乘，换乘距离短且快捷方便。早高峰昌平线换乘13号线进城客流，通过昌平线西侧站台层楼扶梯下到两线共用付费区，步行约20m，直接进入13号线站台进城；晚高峰13号线换乘昌平线出城客流，通过13号线东侧站台层楼扶梯上二层，通过天桥，步行约20m，直接进入昌平线站台出城。
西二旗站西侧面对上地北路与上地东路的丁字路口（红线宽度30m），南侧为西二旗南路（红线宽度30m）。东侧为既有城铁13号线地面轨道线路和京包铁路轨道。规划西二旗站南侧约38.5m处为既有城铁13号线西二旗站绿化带内，站西侧设有集散广场。
西二旗站点是北京地铁路网高峰截面大客流站区之一，每天要承担约35万人次的客流量，8万人在这里度过早晚高峰。
13号线 东直门—西直门
首车 5:10 末车（西直门） 23:26 末车（回龙观） ——
13号线 西直门—东直门
首车 5:54 末车（东直门） 23:01 末车（霍营） 0:14 末车（回龙观） ——
昌平线 昌平西山口—西土城
首车 5:13 末车（全程） 23:29 末车（朱辛庄） ——
昌平线 西土城—昌平西山口
首车 5:23 末车 23:41
以上内容来自参考资料：
西二旗站厅有A、B两个出入口，卫生间位于站厅南侧、13号线开往西直门方向车头及车尾。无障碍设施位于北地面厅内直梯处、13号线开往西直门方向车尾直梯处、方向车头直梯处、无障碍卫生间内、北地面厅TVM、FAM处、南地面厅TVM、FAM处、南站厅付费区内TSM处。
一卡通充值点：站厅南侧（B口），站厅北侧（A口）
爱心驿站备有一批拖鞋，夏季提供凉拖，冬季提供棉拖，并且按男女款及鞋码分类储备，提供给有需求的乘客。在爱心驿站中除了拖鞋外，还有针线包、糖果、热水、雨伞等应急物品。
特制了『导行卡』，为乘客提供精准导航。
A口 509、717、664、504、521
B口 专34、636、333、570、963、392、运114、521、447、运112、996、运205
以上内容来自参考资料：
日均20万左右客流的西二旗站，是北京中心城区连接北部新城重要的交通枢纽。地铁西二旗站逐渐成为重要的「城市标志物」。
2023年12月14日18:57，地铁昌平线西二旗站-生命科学园站上行区段一列车车厢脱离，迫停区间，2023年12月15日，北京地铁发布通告，自2023年12月16日首班车起，地铁昌平线全线恢复正常运营。