《游戏王mugen》是一款国产的同人作品，继承了动画《游戏王－怪兽之决斗》的世界观，舞台是由东西部两片大陆构成的海上世界，在战争背景下，除了决斗的主旋律外，还存在多种文化元素。
千星一行人为了夺回被羊叔掳走的同伴踏上旅途。在这过程中面对羊叔一个又一个手下，并逐步揭露出这个事件背后不为人知的一面。原来众人所生活的这个世界已经被毁灭了494次，第495次文明也已迎来暮年。这一次战争过后，究竟会是万物的终焉，还是无尽的轮回？
第一期：千星VS大佐
冥空生病住院了，去探望冥空的千星和大佐在医院门口巧遇。能乘机俘获冥空芳心的只能有一人，打算相同算盘的2人便为此大打出手。这漫长篇章的序幕，也由此拉开。
千星：纳尼？一会儿功夫场上就凑齐了三只「青眼白龙」？可以玩斗地主了……
大佐：哼哼，现在可不是玩斗地主的时候…青眼白龙，攻击「黑魔导」！！
第二期：月饼VS221
冥空竟然被羊叔掳走了。千星和大佐为了救出冥空踏上旅途。在一个好人的引荐下，他们决定去寻找一个叫月饼Shrimp的少年入伙。不成想，此时的月饼却在另一处陷入了苦战……
月饼：诶诶？「雷王」不是只能无效不入连锁的特殊召唤么？
221：是你记错了。大家说是不是？
围观群众：是啊是啊
第三期：主角受难记
千星、大佐和月饼来到了绿坝城寻找最后一名同伴。没想到这里的居民已经被洗脑电波控制，千星在幼时玩伴藤原音红的帮助下得以脱险。而此时羊叔派来的手下也出现在了他们面前。他们三个居然是……
武藤游戏：多亏了你们的努力，召唤出我最强的仆人的条件……已经集齐了！！！来吧，将场上的「流星龙」和「元素英雄 神·新宇侠」作为祭品…………召唤我的王牌，「黑魔导」！
第四期：冰冰与奈奈
羊叔手下的刺客新月冰冰接到截杀千星的命令。而千星一行人此时正在冰冰的故居：歌姬岛上逗留。而此时，不属于任何一方的一个阴影开始跟随在千星身后，等待着鹬蚌相争的时刻到来。
冰冰：Lv7冰结界的虎将 神兵、Lv1冰结界的输送部队加上Lv1深海歌后调星；同调召唤，第三只「冰结界之龙 三叉龙」！！
第五期：老板与回忆
羊叔派出复制了一部分冥空能力的W11号人造人面档老板来到歌姬岛。面对与冥空相似的W11，千星和大佐开始回忆起幼时与冥空的交情。回忆总是甚美，但现在的冥空却已经被洗脑成为了一心要把千星抹杀的羊叔爪牙。
大佐：「伟大魔兽 聚变神」现在的攻击力是……8000！去吧，伟大魔兽，直接攻击！！
冥空：发动「破坏轮」！平局，耶！
第六期：越狱
千星一行人被打败并关进了小黑屋监狱。典狱长吉鲁为了从囚犯当中获取情报，安排自己的手下斯凯假装成囚犯混入其中。另一方面，W15号人造人胧零也正朝着监狱赶来。但她似乎怀着不为人知的目的。
斯凯：因此，「守护者·艾托斯」的攻击力上升到…………52300！！
第七期：各自的试炼
4人被海啸冲散，在不同的地方登陆上岸。这时候，那些对他们的冒险行为不无担心的亲人，站在对立面拦住了他们的前进。前进，还是回家？果然这个世界的一切都要用决斗来说话啊。
月饼：诶诶，明明「邪心英雄 恶刃魔王」只能通过「暗黑融合」来特殊召唤，是不能用「超融合」出场的啊！
超氪金月饼：你错了月饼，有没有看过动画，动画里的邪心英雄都是可以用超融合来特殊召唤的，这才是正规的规则
月饼：诶诶，是这样么……
围观群众：是啊是啊
第八期：东北四天王
30年前，他们是结束了独裁者的统治，改变世界秩序，成为了众口皆碑的英雄的四人，他们名为「东北四天王」。30年后，他们来到了这一代年轻人面前。考验？试炼？也许吧。但是昔日的四天王，如今却已「遍插茱萸少一人」。
另外，阿尔卑斯上的星星在本期带着新的废品卡组再度登场。其面对的对手，竟然是千星的另一个人格：秋天的枫叶。
星星：在你的主要阶段发动陷阱卡：「同调素材」。选择被你抢走的「星尘龙」，这回合可以作为我同调召唤的同调素材使用。
枫叶：现在是我的回合，你无法进行同调召唤。而且你场上根本没有调整者！
星星：所以发动永续陷阱：………………
第九期：城堡战争
历尽周折的千星一行人终于来到了羊叔的城堡前。但此时的羊叔却带以冥空为首的护卫们离开了城堡。不知情的四人向城堡发起攻势。在里面等着他们的，自然不会是红茶和三明治。
杂兵甲：解放「千眼邪教神」，上级召唤「狮子男巫」！
千星：卧槽竟然是狮子男巫大神！那可是比我的左手还要更高等级的存在啊！
大佐：对方召唤了王牌怪兽，M凉要挺住！
月饼：加油啊M凉，把我的专用BGM借你！
第十期：配角们的战斗
千星一行人踏上了驶向拔摩岛的航线。在最后的战役来临前，配角们也积极的开始了辅助善后工作。与羊叔齐名，使用着「时械神」卡组的陶叔，也加入了这场战争。
曾哥：纳尼，八嘎那！居然是五只攻击力无穷大的怪兽？这……这就是……春哥真正的力量吗……
春哥：全体总攻击！曾哥，你就永远沉睡在这里吧。纯爷们只有一个，那就是我！！！
第十一期：天启四骑士
四名护卫在拔摩岛张开结界。在羊叔手下拥有最强实力的四人，被冠以「天启四骑士」的名号。
除了使用「三幻魔」的冥空外，他们分别是：使用「于贝尔」的jiangbolin；使用「地缚神」的叶落秋霜；以及使用「三邪神」的谢尔。他们来自不同的地方，拥有各自的正义。即使身为死敌，人们也将为他们所坚持的信念落泪。歌颂著英雄的石碑背面，不会忘记刻下他们的名字，和这诸神的黄昏。
叶落秋霜：世上任何事物都可能有假，唯独希望无假。只要你相信希望，它就是真实的存在。
第十二期：命运轮回
终于只剩下羊叔1人。羊叔同时以一敌二与千星和大佐展开最后的决斗。这个故事的最终幕，随着「奥西里斯之天空龙」的降临缓缓拉开。
千星：「这个世界如此美好，值得人们为之奋斗。」我只同意这句话的后半句。
这个漫长的故事看起来结束了。实则比漫长更漫长。
第一期：英雄陨落
四年后，月饼大学专业成了考古，音红迷恋上WOW，空姐回归了众人，千星成为了第六印的持有者，隐居拔摩岛。春哥在继承华语歌坛的重任后隐退，召集四天王商议后和好友刘谦进入拔摩岛，向第六印（sixth）/千星宣战，同时，一个不为人知的古老故事，一个神秘莫测的僵尸娘，一本未知语言写成的书，缓缓地揭开了这个故事（大坑）的序幕。
春哥：你是想当一辈子懦夫，还是想当英雄。哪怕只有几分钟。
千星：春哥，我认可你英雄的精神，而英雄，也有属于英雄的死法，接下诸神的审判吧！！
奥西里斯的天空龙，
太阳神的翼神龙，
奥贝里斯克的巨神兵，
我把这三只怪兽解放！！特殊召唤——……
第二期：死神归来
与千星分别，回到老家教书育人的大佐，突然接到了「成为族长」的邀请。与此同时，那个一度死亡的前任族长，也稀里糊涂地归来了。然而，一同出现的，还有仇恨，那源自于黑龙与白龙的争斗所留下的强烈仇恨…
本期更换了新op，请仔细品尝。
涅墨西斯：你了解自己的想法吗？真的是为了守护而不得不杀了我吗？
大佐：我…
涅墨西斯：与其掩饰，还不如承认自己的仇恨来得轻松！
第三期：天启四骑士II
成为羊盟的领袖后，千星也召集了新的天（dou）启（bi）四骑士，分别是话痨属性，使用「宝玉兽」的浮云；双面间谍，使用「科技属」的大白；第三届公平公正杯冠军，「龙抽艾克佐迪亚」的Deilf；以及唯一会使用命运力·黑幕之力，使用「变形斗士」的黑幕一号。他们即将与第二季新的主角们进行一番生死角逐。此外，第二季支线任务【七大罪】，也首次出现。
Deilf：3张超再生能力抽21张卡，那么我的卡组剩余40-16-4-21=……-1！囊大托！
浮云：作为一个和宝玉兽有羁绊之魂的决斗者，虹龙就是我的一切，是唯一值得信赖的上级怪兽。其他向都是不可取的邪道。真的决斗者，就应该和约翰一样，卡组怪兽只有宝玉兽和宝玉神，并且每样只放一张。在和怪兽的羁绊下永远不会断怪……
炼金：啊哈哈哈爱与正义…喂，你是怎么做到面不改色说出这么寒的台词的？佩服啊。
黑幕一号：好，好像是有点…
第四期：破碎的镜子
为了各自的复仇，炼金、五月、影歌结伴而行。最先接近目标的是要为hank报仇的霍华德·影歌。实际上，他的仇人早已不在这个世界上，然而仇还是要报的。歌姬岛某位少女最终香消玉殒，本作也开始朝致郁的大道上一去不复返…
奈奈：但现在不是！海战即将以搬运⑨课的战败告终，但若你拿着镜子请求海盗的帮助，战争还将持续下去！…人民需要的不是带来胜利的王，而是带来和平的王！
奈奈：呐，影歌，我问你。你已经，不再恨著任何人了吧？
第五期：上古神教
本作的世界观下，有三大宗教。分别是与传统宗教最为接近的【二刻教】，崇尚复仇的【A.F.教】，以及，为你打开新世界♂大门的【新日暮里教】。月饼受人之托，与绿坝娘一同来到三教并存的叶露莎城。在命运的安排下，他们即将体验一番哲♂学的洗礼。而传说中的第二体千星之心，也逐渐浮出水面。
绿坝娘：竟然是断肛剑王♂！
曹爷爷：是断肛剑王♂！
金阁＆银阁&VAN：断肛剑王♂！
炼金：你居然是A.F.教的…那你为什么没有兜帽？！
第六期：魔术泡影
短暂的欢笑时光过去后，迎接月饼的是痛苦的现实。想要给老师221复仇的五月与月饼在巴别塔内对决。然而无论胜败，绿坝娘的结局已无法更改。这是一场，「悲伤的决斗」。最终，中毒已深的月饼到了穷途末路…
五月：要决斗么。在巴别塔进行的决斗，败者可是会遭到天雷所降的，名副其实的死亡决斗。
月饼：没错。不是死亡决斗，怎么能平息我对你的愤怒。你杀了小绿，我要让你血债血偿！！！
第七期：梦魇
视线来到千星这边。在寻找能将第六印移封的第二体千星之心的旅途中，千星与大佐不期而遇。违反混沌帝龙契约的的代价，于此刻变成现实。黑龙族与白龙族，也是殊途同归。白与黑，光与暗，龙与魔法师，开辟与终焉，守护与杀戮…曾经的战友终究到了生死对决的时候。
千星：大佐，上次见面还是4年以前。记得那时候，你对我说过什么话吗？
大佐：不要再说了…不要让我再想到从前…
千星：你对我说，为了守护这你所深爱的世界，你愿意付出一切代价。我相信，那时候的你，才是真实的你。
千星：为了守护那个曾经的你的梦想，我不惜一切代价——即使是要让现在的你葬身于此。
第八期：问鼎（本期分上、下两部分）
胸怀一城冤魂以及兄长仇恨的炼金，他的复仇目标正是千星。为了确保杀死千星，叶露莎城陷入了多方阴谋汇聚的漩涡之中。复仇的齿轮一旦转动，就不会轻易停下。在暗之支配者的力量面前，五月的生命也油尽灯枯。她挣扎着来到炼金的面前…
炼金：（吻）
五月：…炼…我还有好多好多话想对你说…
炼金：五月，原谅我。
第九期：无限地狱
师父，女友，兄弟…亲手完成这些人的死亡后，炼金与中了剧毒的千星直接对决。大西洋的幻之金属开启黑暗决斗，这场决斗的双方既十分相似，也有着决定性的不同。至此，第二季新的主角们，统统踏上了往生。
炼金：一棵树，只有一侧能沐浴阳光，总要有一侧活在黑暗里。
炼金：千星，你让我相信，这世界的另一半，只要有你撑起，就不会枯萎。
千星：上帝是公平的，它让人们降生在这痛苦的世界，但同时也赋予了人们「爱」的能力。
第十期：五维视界
千星boss rush模式的下一个对手，就是第二体千星之心，「全知」的阿克夏。在这位知晓一切、引导一切的「神」面前，似乎整个宇宙都没有人可称其敌手，包括sixth。在这压倒性的绝望中，千星与sixth联手，使劲浑身解数，寻找著那逆转的可能性…
阿克夏：通过将仪式·融合·同调·XYZ怪兽各一只从场上除外，让【创星神 索菲娅】降临！！
阿克夏：千星，这就是宇宙最根基的因果律…命运绝对，不容逆改！一切终将进入相同的归途！
千星：在我们的可能性面前没有什么是绝对的！…阿克夏，这就是我对这世界的回应。我的回合，抽卡！！
第十一期：通往境界的电车
打倒无敌的阿克夏后，千星终于与sixth对决。在神之不死鸟的光辉中，sixth向千星诉说著自己的真实。其余的封印被sixth唤醒，第一印，「创世之书」找上了M凉。而另一个被仇恨缠身的灵魂，则执意与音红决斗。通往精灵界的列车，能否顺利驶向大佐的身边？
千星：…两个太阳！
M凉：我TM是来干掉你的！
音红：爱是一样沉重的东西，神让人们天生拥有它，但承受爱的力量却需要他们自己去努力获得。这究竟是件好事，还是坏事呢。
妹红：是一件好事。因为尽了努力去获得，人们才会珍惜。
第十二期：白龙凯旋
滞留在精灵界的大佐终于决定返回现世，然而归途却充满了险阻。强如东北四天王之一的「叫兽」也在决斗耗尽了全力。在音红面前，最后的追兵唤出了恐怖的【No.】。另外，南瓜等人的远征军也逼近了羊盟的都城，离和平似乎只有一步之遥了……
叫兽：即使我回到现实世界也没有任何意义…但是，你们不同……不同！
叫兽：你们比我们更接近这个世界的本质。
你们更加了解爱、痛苦和宽容。
你们才是这个世界真正的希望……！！
叫兽：去吧，孩子们。世界将因你们而改变。
和原作一样，本作也是以「决斗」为最主要战斗方式，严格遵循《 游戏王公式卡片游戏》规则进行的决斗。
使用OCG环境卡和微量动画原作卡，不使用任何DIY卡。在某些因缘下会出现少量动画原作卡和禁止卡。以及某些现实中决斗可能出现的群众喜闻乐见的场景。
卡片的决斗过程重在卡片之间的配合与连锁，每一场决斗都在追求着游戏王这是卡片公式游戏的极限。本作入门难度相较官方作品稍高，但也能带给你不同层次的视觉体验。
需要说明的是，在观看时请不要代入头像出处的世界观，以达到最佳观看效果。
OP：Under The Darkness
OP：Lunatic Tears
ED：秋汐
演唱者：岚aya
强力的决斗者们大都拥有的改变命运的力量，诙谐一点的说法叫做外挂。所谓命运力，顾名思义就是掌握命运的力量。在决斗中的体现，是更改一些非人为的随机因素，以达到操控决斗的目的。命运力也可以在决斗之外的地方使用。当双方都拥有命运力时，会相互发生碰撞。双方命运力的强弱皆由数值体现。
也叫黑暗游戏。这一概念引申自游戏王原作，是能够对人的精神造成重大影响的游戏，在游戏王mugen里也能对现实世界造成一定影响。黑暗游戏不只存在于「游戏王公式卡片游戏」这一对战形式。对失败者的处罚也不一定都是夺走灵魂。赌注通常会由发起者事先说明。
在决斗中偶尔会出现无限连锁，此时为了节省时间，会直接跳到「这个连锁无限继续下去的最终结果」。
在决斗才因为某些原因造成的攻击力/基本分无穷大，这种情况下，有不同于高数中无限大的特别定义：
无穷大加任何数，依然等于无穷大。
无穷大减无穷大以外的任何数，依然等于无穷大；无穷大减无穷大等于0。
寄宿在卡片里面的精灵，本作使用MUGEN中的人物形象作为Avatar。