林芝地区行政公署是西藏自治区原林芝地区的行政管理机关，是西藏自治区人民政府曾经存在的派出机关，代表西藏自治区人民政府对原林芝地区实施行政管理，执行西藏自治区人民政府的决定和命令，并对其负责和报告工作，领导所属工作部门和原林芝地区各县人民政府工作。
1960年1月成立塔工专署，同年2月改称林芝专署。1963年10月林芝专署撤消，波密县划归昌都地区，林芝、工布江达、米林、墨脱4个县划归为拉萨市管辖，林芝地区不复存在。
1986年2月1日恢复设立林芝地区行政公署，是西藏自治区人民政府的派出机构，行署驻地八一镇。下辖林芝、米林、工布江达、墨脱、波密、察隅、朗县7个县，55个乡镇，614个行政村。
2015年3月16日，国务院下发《关于同意西藏自治区撤销林芝地区设立地级林芝市的批复》（国函〔2015〕51号），正式批复同意撤销林芝地区和林芝县，设立地级林芝市和巴宜区。林芝市人民政府驻新设立的巴宜区广梧大道18号。林芝市辖原林芝地区的工布江达县、米林县、墨脱县、波密县、察隅县、朗县和新设立的巴宜区。
2015年6月10日，中国共产党林芝市第一次代表大会开幕，将选择产生中国共产党林芝市委员会、中国共产党林芝市纪律检查委员会，同时，原中国共产党林芝地区委员会、中国共产党林芝地区纪律检查委员会将正式成为历史，标志着林芝撤地设市进入全面实施阶段。
秘书一科
秘书二科
政研室
督查信息科
综合科
接待处
保卫科
林芝地区信访局
机关后勤服务中心
林芝地区行政公署驻拉萨办事处
林芝地区行政公署驻成都办事处
林芝地区会展中心
一、执行西藏自治区人民政府的决定和命令，对西藏自治区人民政府负责并报告工作。领导所属工作部门和各县人民政府工作。
二、依照法律的规定任免、培训、考核和奖励国家机关工作人员。依照法律规定的权限，管理本区域内的经济、教育、科学、文化、卫生、体育事业、环境和资源保护、城乡建设和财政、民政、公安、民族宗教事务、司法行政、监察、计划生育等行政工作。
三、保护社会主义全民所有的财产和劳动人民群众集体所有的财产，保护公民私人所有的合法财产，维护社会秩序，保障公民的人身权利、民主权利和其他权利。
四、保护各种经济组织的合法利益。
五、保障各少数民族的权利和尊重各少数民族的风俗习惯。
六、保障宪法和法律赋予妇女的男女平等、同工同酬和婚姻自由等各项权利。办理自治区人民政府交办的其他事项。
林芝地区行署撤销前的最后一届领导班子：
• 专员：卓嘎
• 常务副专员：陈秋雄（援藏）、李宏
• 副专员：多吉次仁、红卫、田大刚、刘来兴、平措多吉、格桑、杨方宇
• 副秘书长：赵峻