新疆维吾尔自治区环境保护局曾为新疆维吾尔自治区人民政府部门。
2009年4月，新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案发布，组建环境保护厅，不再保留环境保护局。
1979年6月，新疆维吾尔自治区环境保护局成立(一级局建制)，新疆环境科学学会成立，1980年由原自治区科委、自治区建委共同领导的新疆环境保护科学研究所移交自治区环保局。1985年3月，自治区环保局从城乡建设环境保护厅分离，重新成立自治区环境保护局(二级局建制)，1990年6月，自治区环保局改变隶属关系，由自治区人民政府直接领导。2009年4月，自治区环境保护局升格为自治区环境保护厅。