主人公——雪村千鹤是在江户长大的兰医医生的女儿。她的父亲纲道远离女儿到京都工作。事情本该如此…… 因无法取得与父亲的联系而倍感担心的千鹤，便动身来到了京都。在那里，千鹤遇见的是…… 能够轻易斩杀嗜血妖魔的新选组队士——。这段奇缘使千鹤与新选组紧密相连。在寻找行踪不明的父亲时，出现在主人公面前的神秘刺客。随之而揭露出的新选组的秘密——罗刹的存在——。在这乱世中，为了自己的理想与信念而挥舞刀剑的男儿们。在幕末争端的背后，新选组也开始了不为人知的争斗。
动漫主人公雪村千鹤，是在江户长大的兰学医者(即西医)的女儿。父亲纲道原本应该是与女儿分开后在京都工作的。因为联络不上父亲而担心的千鹤前往京都探访。千鹤在那里所看见的是，与饥渴地寻求鲜血的妖怪所战斗并制伏他们的新选组的队士们——.千鹤与新选组结下了奇妙缘分。在搜索失…
第一季动画《薄樱鬼 第一季》讲到土方带领新选组转移到江户，因为时代变更，战斗的武器由传统的武士刀变为了枪。在历史的推动下，新选组的各位也有所变化。第二季最大的看点无疑是各个人物都「改头换面」，穿上洋装，剪短头发。动画走的是土方线是最为艰辛，最为伤感的一条线路，因为土方作为德川幕府和武士道精神直至最后一刻的末代武士的代表人物，不论漫画还是史实上土方都是见证了新撰组由盛到衰的全部，其中包括了近藤勇的斩首，冲田总司的病死，还有其他战友的战死，可以说制作方选择土方线进行制作是花了不少心思的。
《薄樱鬼 碧血录》为第二季。
第三季为《薄樱鬼 黎明录》
OVA为《薄樱鬼 雪华录》