「西来庵事件」于1915年发生于中国台湾的噍吧哖（台南玉井），所以又称「噍吧哖事件」，起义事件领导者为余清芳，所以亦称「余清芳事件」。这个事件是日据时期台湾人武装抗日事件中规模最大的一次。当时余清芳在台南市「西来庵」王爷庙假借神佛名义宣扬抗日思想，后来又认识台中人罗俊及楠梓人江定，于是共同密谋组「大明慈悲国」。宣称日本据台20年，气数已尽，余清芳受王爷神示，说中国将派大军前来支援。消息被总督府侦知，余清芳潜逃，日军入山围剿，至1916年4月事平。被捕者达1957人之多，其中866人被判死刑。在舆论压力下，四分之三的死刑犯被减刑为无期徒刑。
西来庵事件又称为噍吧哖事件，发生于1915年，是日据时期台湾人武装抗日事件中规模最大、牺牲人数最多的一次。
也是台湾人第一次以宗教力量结合反抗日本占据的重要事件。
因为策划革命的地点在台南市西来庵王爷庙，所以称「西来庵事件」；起义事件首要人物是余清芳（1879年-1916年），所以也叫「余清芳事件」。
台南厅人余清芳于台南市「西来庵」假借神佛的名义来宣扬其抗日行动，之后其认识了台中人罗俊及楠梓人江定，密谋组「大明慈悲国」，并以宗教方式催眠信徒，宣称日本据台20年，气数已尽，他受到王爷的神示，担任「台湾人的皇帝」，更宣称中国将派大军支援。
然而举事尚在酝酿即为总督府所破，余清芳于事泄后即潜入山中，并曾在噍吧哖（今玉井乡）与日军相战，至翌年4月被诱出山。
此事件亦使台湾人民抗日运动由武装转型为社会与政治运动。
1915年，台湾爱国者余清芳、罗俊、江定三人为首，举行反日起义。他们以宗教为掩护，以西来庵为根据地，进行活动，日本人称之为「西来庵事件」。余清芳的势力遍于全台湾，跟祖国也有联系。
这一年五月，他们的计划暴露，六月罗俊被捕，7月9日余清芳和江定率众袭击日寇屏东甲仙埔支厅各派出所，杀死日寇30多人，转战台南，与日本人奋战达40多天，后遭失败。
余、江、罗三人均壮烈牺牲。西来庵事件是日本占据台湾期间所发生规模最大的一件武装抗争事件。
噍吧哖是地名，即今日的台南县的玉井乡，此一武装抗争事件主要的战役都发生在此地，所以称做「噍吧哖事件」。又由于此事件是因余清芳（1879-1915）、罗俊（1854-1915）和江定（1866-1916）等人不满日本殖民政府，意图发动武装抗争，建立自己的领导政权，因此也称为「余清芳事件」。
余清芳等人常在今日台南市一个叫做「西来庵」的王爷庙聚会，密谋起事，此事件也被称为「西来庵事件」。
他们原订在公元一九一五年的阳历八月(农历七月)发动战争，但在这一年阳历五月底就为日本殖民政府所觉察，六月底罗俊被捕，余清芳等核心参与者决定与江定等地方领袖所领导的武装组织联合。
在此一武装抗争事件中，参与抗争的人虽然遍及台湾的北、中、南部，但绝大部分的人是住在台南和高雄山区，而武装冲突也以这些地区的十五个村庄为主，包括沙仔田、芒仔芒、竹围、三埔（以上四村位于今台南县玉井乡），冈仔林、内庄仔庄、左镇（以上四村位于今台南县左镇乡），菁埔寮、中坑、南庄、北寮、竹头崎（以上五村位于今台南县南化乡），以及阿里关、大邱园、茄苳湖（以上三村位于今高雄县甲仙乡）的十五个村庄。
就地理环境而言，这些地区形多为丘陵与高山；以住民的背景来说，一九一五年时当地有闽南人、客家人与平埔族共居。
从一九一五年阳历七月初开始，余清芳和江定发动了一连串的攻击事件，烧毁许多派出所，杀死数十名日本和台湾警民。
八月初，日本警察和军队反攻，双方在噍吧哖虎头山兵锋交接，余清芳等人不敌日本的机关枪和大炮，死伤惨重。
日方军警随后在附近村庄，以及余清芳等人逃亡藏匿的山区进行大规模的搜捕行动，烧毁许多民房，并有一些百姓遭到报复性的杀害。
八月二十二日，余清芳被捕，并且在九月二十三日被处以死刑。不过，由于江定等人仍然在逃，日本政府为了避免南化地区的村民暗中资助他们，因此一方面派人继续搜捕，另一方面则将此一地区的大部分居民迁到噍吧哖庄暂住。到了十月初，日人更尝试派遣参与起事者的家眷妇女、儿童，携带口粮上山寻找及劝降，但这个方法并没有收到任何的效果。
到一九一六年四月，殖民政府才透过地方人士的交涉，说服江定自首。江定等人于一九一六年九月被处以死刑，噍吧哖事件终告落幕。
噍吧哖事件从余清芳等人开始策画起事，到江定等人被审判处死，前后约两年的时间里，有1,957名台湾人被逮捕──其中遭到起诉的有1,482人，而被判处死刑者高达915人，实际上被处以死刑者有135人，也有接近300人则死于监狱之中。
噍吧哖事件与一九三Ο年台湾高山族武装抗争的「雾社事件」，是日据时期台湾两个大规模的武装抗争事件。若比较这两个事件，就起事初期所杀死的日本官吏、警员及眷属人数而言，噍吧哖事件不及雾社事件之多；不过，无论就事件的持续时间、事件直接影响的范围、动员人数、被捕及被判刑人数、死亡人数等方面，噍吧哖事件皆较雾社事件为多，规模也更大。举例来说，以起事地点居民的死亡人数而言，雾社事件的死亡人数大约为900余人，而本事件的死亡人数则高达数千人──包括阵亡、被杀害、被处以死刑、狱中死亡、以及因生活环境恶化而病死的老弱妇孺等。
西来庵事件的领导者叫余清芳，因此这场反抗又被称为「余清芳事件」。1895年日军初临台湾，17岁的余清芳就参加了武装抗日活动。日本人逐渐控制宝岛，局面平息，余清芳也暂时平静，还谋到了差事，内心却从未向现状妥协。1904年，余清芳辞去巡查补之职，出入台南各地，搞一些擦边球式的活动。他加入了秘密江湖社团「二十八宿会」，反日、抗日的言行越来越明显。日本警察的嗅觉是灵敏的，很快盯上了这个危险分子，将他拘押起来，送往「浮浪者收容所」进行「管训」，监禁时间长达3年。
余清芳针对日本人的「反骨」不会软，也许就在沉浮跌宕岁月里，他一直思考更有力的反抗办法。他找到的策略跟算命先生刘干如出一辙，是打出「神佛皇帝」的名义。
余清芳后来终于有了据点，就是「西来庵」。他先跟这座庙宇的几个董事结识，后来直接成为西来庵的负责人。他逐步发展信众，被尊称为「余先生」。有人传说他有神力和神通，有人相信他是皇帝的中介者。当时台南的老百姓流传说，山中有新「皇帝」出现，手长过膝，耳大及肩，这显然借鉴了《三国演义》中刘备的形象。
除了余清芳外，西来庵事件还有另外两个领导者，一个叫罗俊，一个叫江定。罗俊是台中人，在大陆亲历目睹了如火如荼的辛亥革命，深受感染。1915年1月，余清芳与罗俊会面盟誓，决定由余清芳负责南部，罗俊负责中北部，寻找机会共同起事。江定是台南人，长期从事抗日武装斗争，在深山中扯起了一支队伍。余、江两人会面后，江定成为余清芳的副将。
余清芳继续以神佛皇帝的崇拜联络民众，扶乩、请神等手法通通使出。组织和宣传活动的内容主要有：打出「大明慈悲国」的国号，宣称日本据台20年，气数已尽，到1915年不得不退出。宣称五福王爷已经发出神示，由余清芳担任「台湾人的皇帝」（他不止是「皇帝」的信使了），中国大陆将派出大军支援，台湾人应当里应外合，一举击退日本。
余清芳等人着眼于岛内活动，也没忘了观察大陆局势。1915年4月，日本向袁世凯政府发出最后通牒，逼迫接受「二十一条」，激起了大陆民众反日情绪的高涨。余清芳和罗俊商定，抓住时机，在台中、台南一起暴动。
箭在弦上之际，意外发生。1915年5月，日本警察在基隆开往厦门的一艘轮船上逮捕了余清芳的一名同党，搜出密信，暴动计划泄漏，总督府展开全岛大搜捕，余清芳等人被迫转移。6月，罗俊被捕。7月，暴动者袭击了一支日本警察队伍，击毙巡查。余清芳自此率众四处袭击警察及家属，获取枪支弹药，与日警展开激战。集结而来的优势日警部队发动围攻，暴动者终于被击溃。8月，余清芳误入日警和出卖者的陷阱。不久后，江定也被诱捕。
余清芳、罗俊、江定3个领头者注定会被日本人处死，这次暴动前后，死难的台湾人达到3万，震惊了世界，阴影一直笼罩宝岛十多年。
对于余清芳，对于算命先生刘干，日本人很容易就可以攻击他们装神弄鬼，是邪魔外道。但日本人那么了解中国历史，不会不明白，神道信仰从来都是民众在绝望中反抗的精神武器。余清芳和刘干能动员信众，发起注定失败的反抗，当然用了一些「精神控制」的法子。虽然鲍迪埃已经在《国际歌》中写出了「从来就没有什么救世主，也不靠神仙皇帝」，台湾的暴动者们无缘聆听。在他们的经验里，面临一个无望又无助的年代，要跟强大蛮横的统治者干一场，也许只能从「天堂」和「天命」中获得勇气、希望。