福建中国闽台缘博物馆位于泉州市区西北侧北清东路212号，是反映中国大陆（福建）与宝岛台湾历史关系的国家级专题博物馆，国家一级博物馆。前身为创建于1989年的泉州闽台关系史博物馆。
博物馆总投资1.8亿元，占地154.2亩，主体建筑面积23332平方米，展厅总面积7355平方米。博物馆于2005年2月开工建设，2006年5月27日竣工开馆。
中国闽台缘博物馆馆藏文物10522件（套），其中接受台胞、侨胞捐赠文物1700多件（套）。展厅总面积7355平方米。二楼的基本陈列《闽台缘》和三楼的专题展《乡土闽台》，全年免费对公众开放。
博物馆自开馆至2022年12月累计接待观众近1500万人次，其中台胞75万多人次。先后被中宣部授予「全国爱国主义教育示范基地」、团中央授予「全国青少年教育基地」、国家文物局授予「国家一级博物馆」、国台办授予「海峡两岸交流基地」等称号。
泉州闽台关系史博物馆创建于1989年，是第三批省级爱国主义教育基地，位于全国重点文物保护单位泉州天后宫内。
1989年5月，泉州闽台关系史博物馆根据对台交流形势发展，创办「闽台缘」专题展，在台湾同胞中产生较好影响。2004年11月，时任中央政治局常委李长春来泉州视察时指示，「闽台缘」专题展较系统地反映了海峡两岸的历史关系，在反对和遏制「文化台独」和「法理台独」方面，发挥了博物馆文物陈列的独到作用，要将其办成全国对台宣传的重要基地。
根据中央领导指示精神，福建省委、省政府和泉州市委、市政府决定扩建新馆。2004年12月，泉州市成立闽台缘博物馆筹建处，并将馆址选在泉州西湖畔、国家风景名胜区清源山下，省领导确定馆名申报为「中国闽台缘博物馆」。2005年2月，中国闽台缘博物馆规划设计方案基本确定，中共福建省委成立「中国闽台缘博物馆建设指导小组」。
在中央和省市支持下，2005年2月博物馆开始施工建设，2005年3月15日，中国闽台缘博物馆文物文献征集全面展开，2006年5月27日博物馆正式对外开放。2008年10月江泽民为「中国闽台缘博物馆」题写馆名。
博物馆主体建筑分4层，面积为23332平方米，高度为43米。采用了「天圆地方」的设计理念，运用闽台两地传统建筑「出砖入石」的特色工艺，红白相间，浑然天成，充分体现了海峡两岸的人文精神与地域特色。其中主体建筑有通向观景天台的四道半弧形的屋面斜阶，象征著中国闽台缘博物馆是海峡两岸交流的桥梁和纽带；观景天台上的和平莲则将常年播撒吉祥和平的福音。
博物馆景观广场由馆名卧碑、倒影池、音乐喷泉、九龙柱、七彩灯柱等组成，以极富闽台建筑特色的红色为基调，利用天然石板材的颜色和特制红砖，红白相间分隔出醒目的图案，与主体建筑融为一体。两根九龙柱每根高达19米，直径2米，重达135吨，九龙柱和卧碑构成一组寓意深远的景象，以「九龙吐珠」象征海峡两岸同胞都是龙的传人，海峡两岸关系坚如磐石。景观广场中间的倒影池的水由里向外源源不断地流动，象征著海峡两岸关系源远流长。
博物馆主体建筑的入口门厅有一幅火药爆绘壁画，高18米，宽9米，是泉州籍旅美艺术家蔡国强的作品。他以中国人的古代发明——纸和火药为材料，运用现代行为艺术演绎着海峡两岸亘古不变而又历久弥新的文化主题：同文、同种、同根生。
博物馆展厅总面积为7355平方米。其中二楼为主题馆，面积3466平方米；三楼为「乡土闽台」专题馆，展厅面积2889平方米；一楼设有闽台谱牒文献中心，有近300个座位、具有5种语言同期声传译功能的学术报告厅和两个800平方米左右的临时展厅；四楼为信息数字及研究中心。
该展览位于博物馆一楼，设谱牒文献收藏室，馆藏族谱达2210种5507册，涵盖两岸115个姓氏，建立数据库和影印复制本，广泛联系闽台各姓宗亲，举办族谱展览及百家姓论坛等活动，为两岸同胞提供寻亲探源服务。
该展览位于博物馆二楼，展线长1000多米，按照闽台关系的「五缘」来设计，分七个部分共21个单元，87个项目。其中，地缘、血缘、法缘和商缘各作一部分，即远古家园、血脉相亲、隶属与共、开发同功，文缘由于内容较多，分设三个部分，即文脉相承、诸神同祀、风俗相通。在这七部分前还设置了序厅，展示了古(清)代闽台的地图和现在的中华人民共和国全图，通过「前言」对该馆所要展示的内容以及闽台两地深厚的「五缘」关系进行提示。「闽台缘」主题展厅共展出文物文献1500多件，这些珍贵的文物文献见证了闽台两地深厚的历史渊源，再现了闽台骨肉亲的种种历史场景。充分凸显了宝岛台湾是中国不可分割的一部分。
该展览位于博物馆三楼。乡土浸染着人类文明的足迹，由于有着同样的文化印记，闽台人民心气相和、性情相知。闽台乡土气息相通、景象相类，无论节日、礼仪、风习、信仰、语言，自古一脉相承，历久弥新。「春」以「新春闹上元、清明祭祖先」为主线，展示闽台人民春节贺正、元宵赏花灯、清明扫墓祭祖等传统习俗。「夏」以「端阳竞舟鼓，中元赛普渡」为主线，展示闽台两地的端午节赛龙舟、七月「中元节」普渡等传统习俗。「秋」以「卜饼万家喜，对渡郊商急」为主线，展示闽台两地中秋吟唱、博饼、拜月等传统习俗及商郊活动。「冬」以「进香还宿愿，岁末喜团圆」为主线，展示闽台两地的冬祭、敬拜神灵及烧王船等习俗活动。
中国闽台缘博物馆自开馆至2017年11月，先后举办临时展览135个，其中，引进台湾方面各类临时展览27个，包括《明清以来两岸百人书画扇面特展》《星云大师一笔字书法展——2014 年中国大陆巡回福建展》等；赴台举办展览7个，包括《指掌春秋——闽台木偶艺术展》《闽台缘两岸书画交流展》等。
此展于2012年4月11日至2012年5月10日在博物馆三楼东展厅举办，引进台北市古董文物协会收藏的明清以来海峡两岸名家名作，其中包括朱术桂、沈葆桢、甘国宝、谢琯樵、吕世宜、郭尚先、李叔同、于佑任、庄俊元、施士洁、曾遒、吴鲁、苏镜潭等书法大家作品。共展出书法、绘画、扇面精品佳作126件/套，其中扇面100件/套，书、画26件/套。此次特展，是台北市古董文物协会收藏的艺术作品首次在大陆展出。
此展于2014年4月7日至2014年5月4日在博物馆三楼东侧展厅举办，展出星云大师「一笔字」精彩墨宝及纹饰墨迹陶瓷、竹雕、印鉴等作品120余件。
此展于2022年8月23日至9月6日，「两岸同心福·喜迎二十大」闽台「福」文化书画展在中国闽台缘博物馆拉开帷幕。展览以「福」文化为媒，以书画为纽带，展出闽台两岸书画家的优秀作品95件（11幅国画，84幅书法作品），包括福建省书法家协会主席陈奋武「闽台福缘」等福建书画作品59件、台湾书法家协会会长沈荣槐的「两岸同心福」等台湾作品36件。
中国闽台缘博物馆设置有研究部，负责闽台历史、文化、文物研究及综合研究，协调开展对台、对外学术交流活动。
中国闽台缘博物馆出版发行了《闽台缘》《台湾编译馆档案》《西岸文史集刊》等图书。编辑出版《两岸谱牒文化的研究与交流》论文集《馆藏陈林姓族谱迁台信息采集汇编》《谱牒文化与寻根研究》《海峡两岸谱牒文化研究》；主办《闽台缘》文史集刊馆刊；发表学术论文若干篇。
承担了「闽台文化与光复初期台湾社会文化重」「闽南文化的传承与海西社会发展」「台湾文化创意产业发展经验研究」「加强闽台谱牒文化交流研究」等多项国家、省级课题。
中国闽台缘博物馆参与举办「台湾光复初期的社会与文化」「闽南文化论坛」「东亚文化之都建设论坛」「第三届亚洲文化论坛」等国际、两岸学术研讨会20多场。接待海内外20多个院校、科研机构的学者，举行座谈交流达200多场次。
中国闽台缘博物馆藏品部负责文物修复等保护工作，并设有文物保护实验室，也被称为「文物医院」。经国家文物局审批，中国闽台缘博物馆启动实施「馆藏文物预防性保护系统项目」，引入大量文保设备，使保护文物更加科学，也更具科技含量。
博物馆始终把加强青少年交流工作作为重中之重。开馆以来，以展览、夏令营、活动营、联欢节、征文等形式开展交流活动，共举办各类活动近百场，如：1000名祖国大陆青年和1000名台湾青年结对的「活力泉州·青春海峡」 两岸青年欢乐行活动、「首届两岸 青年联欢节——海峡西岸·泉州欢乐行」「2007 阳光海峡——两岸快乐小天使活动营」「第二届两岸青年联欢节——海峡西岸行」「2008 两岸少年联欢节—— 欢乐泉州行」「海峡西岸2009年台胞青年夏令营」「2014年福建之旅文化寻根夏令营」等活动。接待两岸青少年348万多人次。
博物馆先后与厦门大学、华侨大学、福建师范大学、泉州师范学院等20多所院校等签订共建协议，建设境内外学生交流基地，开展涉台教育和爱国主义教育活动。围绕闽台深厚的渊源关系，深入社区、学校、企业、军营等基层单位，开展巡展、巡讲、DIY 制作、传统工艺体验、志愿服务等活动近400 场次。
2014年11月，「第六届博物馆及相关产品与技术博览会」于厦门举办，中国闽台缘博物馆以宣传推介中国闽台缘博物馆和闽台特色文化为主旨，共推出五百余件（套）文创产品，其中，与省内知名陶瓷工艺、漆艺、书画界大师合作开发的以茶、香、花、画等传统「四艺」为主题的系列产品最受观众欢迎；与迪特、奇美等具有现代风格的文创公司合作开发的产品也深得年轻人的喜爱。
2018年1月，中国闽台缘博物馆主办了首届「闽台缘」杯文化创意产品设计大赛，《古厝缘钱包》《闽台缘书架》《闽台缘系列文创产品》等作品获得二三等奖。
2019 年5月，第十二届中国艺术节演艺及文创产品博览会在上海举办，中国闽台缘博物馆的茶具、手镯等文创产品参展。
2005年11月，中国闽台缘博物馆被中宣部授予第三批全国爱国主义教育示范基地。
2008年5月，中国闽台缘博物馆获评国家一级博物馆。
2015年10月，中国闽台缘博物馆被授予「中国国际华侨交流基地」。