2018年6月15日，根据《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》《国务院机构改革方案》和国家税务总局关于国税地税征管体制改革的部署要求，深圳市国家税务局、地方税务局正式合并成立国家税务总局深圳市税务局。
根据党的十九届三中全会审议通过的《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》和《深化党和国家机构改革方案》以及十三届全国人大一次会议审议通过的《国务院机构改革方案》，将省级和省级以下国税地税机构合并，具体承担所辖区域内各项税收、非税收入征管等职责，以降低征纳成本，理顺职责关系，提高征管效率，为纳税人提供更加优质高效便利服务。国家税务总局深圳市税务局挂牌成立，意味着税务机构改革在深圳正式拉开大幕。
2018年6月15日上午，国家税务总局深圳市税务局正式挂牌，标志着原深圳市国家税务局与原深圳市地方税务局正式合并。市长陈如桂出席揭牌仪式，并和国家税务总局深圳市税务局联合党委书记、局长张国钧一起为国家税务总局深圳市税务局揭牌。
国家税务总局深圳市税务局的主要职责是：
（一）负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作。
（二）负责贯彻执行税收、社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和规范性文件，研究制定具体实施办法。组织落实国家规定的税收优惠政策。
（三）负责研究拟订本系统税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟订税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施。负责本系统税收、社会保险费和有关非税收入的会统核算工作。组织开展收入分析预测。
（四）负责开展税收经济分析和税收政策效应分析，为国家税务总局和市委、市政府提供决策参考。
（五）负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。
（六）负责组织实施本系统税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。
（七）负责所辖区域内国际税收和进出口税收管理工作，组织反避税调查和出口退税事项办理。
（八）负责组织实施所辖区域内税务稽查和社会保险费、有关非税收入检查工作。
（九）负责增值税专用发票、普通发票和其他各类发票管理。负责税收、社会保险费和有关非税收入票证管理。
（十）负责组织实施本系统各项税收、社会保险费和有关非税收入征管信息化建设和数据治理工作。
（十一）负责本系统内部控制机制建设工作，开展对本系统贯彻执行党中央、国务院重大决策及上级工作部署情况的督查督办，组织实施税收执法督察。
（十二）负责本系统基层建设和干部队伍建设工作，加强领导班子和后备干部队伍建设，承担税务人才培养和干部教育培训工作。负责本系统绩效管理和干部考核工作。
（十三）负责本系统机构、编制、经费和资产管理工作。
（十四）完成国家税务总局和市委、市政府交办的其他工作。
办公室（党委办公室）。承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作;承办党委文件、会议、督办等有关日常综合性事务。
政策法规处。承担依法行政工作；承办涉及多个税种、社会保险费和非税收入综合性政策文件；承担规范性文件合法性审查工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；承担税务行政复议、行政应讼工作；组织办理涉税反补贴案件应对工作；承担普法工作；承担公职律师和法律顾问相关工作。
货物和劳务税处。组织实施增值税、消费税、车辆购置税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理；负责增值税发票管理。
企业所得税处。组织实施企业所得税征收管理工作；对企业所得税具体业务问题进行解释和处理。
个人所得税处。组织实施个人所得税征收管理工作；对个人所得税具体业务问题进行解释和处理。
财产和行为税处。组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理。
资源和环境税处。组织实施资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理。
社会保险费处。组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费征收管理工作。
非税收入处。组织实施文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作。
收入规划核算处。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划；拟订出口退（免）税年度安排，组织实施免抵调库年度安排；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作。
纳税服务处。组织实施纳税服务（含缴费服务）工作；承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作；承担服务渠道管理和税收信用体系建设；统筹协调社会化纳税服务。
征管和科技发展处。组织实施税收征管法律法规、规章及规范性文件；组织实施户籍管理等基础征管工作，统筹实施日常征管工作；组织实施信息化建设工作。
国际税收管理处。组织实施国家（地区）间税收条约（安排）；承担跨境税收管理工作；组织实施反避税工作；组织实施税收服务「一带一路」建设；负责外事管理。
税收经济分析处。组织实施税收经济分析工作；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；承担税收政策效应分析工作；承担统筹和指导税收经济分析工作。
财务管理处（装备和采购处）。组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、固定资产等工作；承担机关财务管理工作。
督察内审处。承担内部控制工作；组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的执法督察；组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计和领导干部经济责任审计；组织实施本系统税收执法责任制工作；参与实施「一案双查」工作。
人事处（党委组织部）。组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作；承担下一级领导班子及领导干部管理、监督等工作。
考核考评处。组织实施绩效管理和数字人事管理工作；承担年度绩效考评工作。
教育处。负责教育培训工作。
党建工作处（党委宣传部、巡察工作办公室）。协助落实全面从严治党主体责任；统筹和指导系统党群工作，宣传和执行党的路线方针政策；统筹系统思想政治建设、意识形态建设、税务文化建设、精神文明建设和统战工作；组织和指导系统巡察工作。
机关党委。负责机关和派出机构党群工作。
老干部处。负责老干部工作。
根据有关规定，设置党委纪检组，负责机关和派出机构党的纪律检查工作，指导系统党的纪律检查工作。
纳税服务和宣传中心。负责12366纳税服务热线管理和平台运维工作；承担税收宣传和网站、微信、微博、客户端管理工作；承办涉税舆情管理、政务公开工作；接受、转交纳税服务投诉和涉税违法举报。
信息中心。负责信息化建设的技术支持保障、税收管理信息系统运行维护、信息安全等工作。
机关服务中心。负责机关后勤事务管理、保障和服务工作；指导系统后勤服务工作。
税收科学研究所。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入科研工作。
第一税务分局（大企业税收服务和管理局）。组织实施大企业税收服务和管理工作；承担「千户集团」企业名册管理、数据采集、风险应对工作；指导、考核系统大企业税收服务和管理工作。
第二税务分局（出口退税服务和管理局）。组织实施进出口税收管理工作，对进出口税收具体业务问题进行解释和处理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；承担出口退税工作。
第三税务分局（海洋石油税收管理局）。组织实施海洋石油企业、金融企业税收征管、税源管理工作；承担辖区内纳税人违法违章情况的处理、行政处罚及听证、行政复议、赔偿案件及行政诉讼，调解税收争议工作。
第四税务分局（反避税调查局）。制定并实施全市反避税相关工作计划；统筹实施特别纳税调整案件调查、结果的执行和反馈；受理实施预约定价安排；组织实施对跨国企业的监控管理；统筹全市企业关联申报审核和同期资料管理等工作。
第五税务分局（税收大数据和风险管理局）。组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用；指导、考核系统大数据和风险管理工作。
稽查局。组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担案源管理、税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作；组织查办督办税收重大违法案件；承担推行「双随机、一公开」监管工作；承担税收违法「黑名单」公布及联合惩戒工作；组织落实税务部门和公安部门联络机制；参与实施「一案双查」。
第一稽查局。承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；承担市局稽查局分派税务案件的查办工作；负责深圳市罗湖区、福田区、盐田区及第三税务分局（海洋石油税收管理局）征收管理范围内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。
第二稽查局。承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；承担市局稽查局分派税务案件的查办工作；负责深圳市南山区、蛇口、前海自贸区、龙华区管辖区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。
第三稽查局。承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；承担市局稽查局分派税务案件的查办工作；负责深圳市龙岗区、坪山区、大鹏新区管辖区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。
第四稽查局。承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；承担市局稽查局分派税务案件的查办工作；负责深圳市宝安区、光明区、深汕特别合作区管辖区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。