《黑客狙击手》描写的是21世纪中期虚构的星球上人类科研工作又有了新的突破，邪恶分子却要窃取这些科研成果以实现他们控制星球的目的，由于他们的阴谋破坏而引发了一系列网路危机。故事中有三位机智的少年，他们是M中学电子活动小组的三大电脑高手，他们挺身而出，与邪恶展开一系列机智的斗争。本片融合了侦探、科幻、友谊、亲情等多种科幻题材的元素。
2058年，随着宇宙科技高度发达，电脑网路已成为人类不可或缺的工具。然而，一场危机也悄悄地逼近了……憎眼光明的外星人黑暗破坏之王为了实现其称霸星球，统治星球的野心，纠集一伙电脑黑客，利用其先进的电子手段，不断干扰破坏电脑网路，以造成混乱。其最终目的是彻底摧毁人类能源电力系统，令星球一片黑暗，从而建立起黑暗帝国。
高杰、鲁鲁、嘉嘉是M中学电子活动小组的三大电脑高手，也是形影不离的好朋友。高个子高杰英俊聪明，果断刚毅，具有领袖气质；小个子鲁鲁，圆圆的脸，外表有点憨，却颇具怪才，他的父亲鲁博士和母亲夏女士遭到黑暗破坏之王派出的人攻击，这一不幸沉重打击了鲁鲁，使他常常显得呆头呆脑；女孩子嘉嘉漂亮活泼，胆大心细，居然还有一身过硬的中国功夫。眼见全城电脑不断受到黑客攻击，三人挺身而出，全力向黑客反击，但他们感到黑客的力量太强大了！
沮丧的鲁鲁坚信只有父亲才能阻止这些黑客，发誓去寻找父亲，高杰、嘉嘉也一拍即合。三人从鲁鲁父亲的电脑资料中破解了一份神奇密码，才知道鲁鲁的父亲是被劫持的。掌握了种种蛛丝马迹，三人便毅然出发去营救鲁鲁的父亲。
在寻找的过程中，高杰等人逐渐发现了这些黑客是有严密组织，并有一个庞大的基地。三个小伙伴以其聪明的头脑和顽强的斗志，一次次闯过艰难险阻，终于潜入了黑客基地。每当他们迷失方向或凶险万分之际，总有无线电和神秘人帮助他们。
正当黑暗破坏之王及其手下为最后摧毁星球能源电力而得意忘形之际，高杰等三人也悄悄地进入了基地的核心，不幸被黑暗破坏之王发现了。一场斗智斗勇的激战后，高杰等三人身陷绝地，黑暗破坏之王邪恶的笑声包围了他们。千钧一发之际，鲁鲁的父亲的出现了。
黑暗破坏之王让Y博士启动了能量转换器，没想到自己竟然毁灭了自己。
但是，事情就这样结束了吗？